光復後，戴國煇目睹了「二二八事件」和「白色恐怖」，台中農學院（今中興大學）畢業後，到日本留學。見到睽別已久的二哥，他猶對日本抱持著化不開的情結。在〈戰後台日關係與我〉一文中，他說：
　　「日本人究竟是什麼呢？作為統治民族，他們凌辱、壓迫、剝削過我們；他們曾經到處凶惡地罵我們是支那人、清國奴；他們曾經剝奪或企圖剝奪我們的母語、文字，甚至文學；日本還曾貶低我們的宗教、文化、生活方式等一切傳統的價值。而我從今以後就要在這個元凶之國留學。我要向他們學習，這是何等的恥辱！我把自己的苦惱披露給了二哥。」
　　由於他的二哥提昇了他認識的水平，也提昇了他認識的「主體」，他引述二哥的話說：
　　「我們都是被扭曲的＝殖民地的孩子。如今，殖民地傷痕的本身成為我們不得不起步再次出發的原點，做為重新開闢的新道路的基石，我們必須好好地活用這個悲痛的經驗。我們一邊要痊癒殖民地的傷痕，一邊要超越它，必須將殖民地遺制的所有東西加以手段化、相對化，經過克服以變成我們自己能掌握的工具及東西。
　　對於圍繞著我們的殖民地傷痕糾葛的本質及核心事物，我們只有通過內省和對決，才有可能擴大做為自舊殖民地被統治者身分求新生的內在自由之嶄新境界。
　　二哥的話猶如重錘猛擊。我感到羞愧，並恥於再多談過去與二哥的那一段對話。」
　　戴國煇的台灣史研究雖是從「自我主體」出發，但並不是局限於「自我主體」，而是要以「通過內省和對決」的「主體」能動性超越殖民地傷痕和悲情，以達到「內在自由之嶄新境界」的。所以，戴國煇對歷史研究得出的結論是「可恕而不可忘」，對日本殖民統治如此，對「二二八事件」、「白色恐怖」的歷史研究亦如此，這是他通過「內省和對決」的「主體性」史學方法論。

三

　　在認識論上，戴國煇的「主體論」絕不是「主觀論」，或「主觀觀念論」的想當然耳。在戴國煇的學術著作中，幾乎無一字無根據，其蒐集史料之勤快，正是傅斯年所言「上窮碧落下黃泉，動手動腳找東西」，圖文史料之不足，又親自做田野採訪。
　　此外，戴國煇的「主體論」，也絕不是「洞穴幻象」，更不是「井底之蛙」的「從台灣看世界」。在〈身份與立場〉一文中，他說：
　　「台灣史不僅是台灣全體住民本身的歷史，同時也是中國史的一部份，在這個意義上，更可以延伸其脈絡至東亞史、世界史來思考今後的課題。台灣史、中國史、東亞史、世界史等各部分之間，共有著有機性關聯自不待言，如果沒有這樣的視野去掌握問題，恐怕不易體會亞洲近、現代『時代精神』的來龍去脈，更遑論去理解其真正的內涵及其流向。」
　　作為「殖民地的孩子」，戴國煇的「主體論」在道德價值論上遭遇到嚴重的問題。在〈兩個尺碼與認識主體的確立〉中，他說：
　　「像我們這樣受過日本殖民地教育的台籍知識份子，在早年接受教育的過程中，必然會不自覺地接受日本人他們那一套價值體系。即使於日本在台的殖民統治結束之後，還留給了我們一個問題：那就是如何克服那套日本殖民地統治所留下的價值體系，而新創出我們自主的價值體系。這種克服的工作，是一種思想層面的作為，我們要如何朝這個方向努力？」
　　這個問題，戰後日人西野英禮在〈殖民地的傷痕〉一文中也提及並指責說：
　　「台灣的新文化就在胎兒時的情形被絞殺了。由於日本人的教育，台灣人民的精神負擔與被破壞的情形很大，是無可比喻的；企圖使台灣人忘掉民族性的白癡化教育的弊害，不知自此之後還要使台灣民眾的痛苦再挨幾十年？我以為在日本的台灣殖民地化之中，最受誇耀的教育制度的確立，不就是對於住民最為野蠻的行為嗎？我以為這是比任何血腥的彈壓，還要來得野蠻──從最近新聞雜誌的記事看到日本話在現在常被使用，就好像被害之深重新被指出；同時其記事的愚蠢及得意的樣子，使人不堪忍受。殖民地化的結果，不可以說是惡的也有，善的也有。看起來只有善的，但其善在結構上可以產生巨大的惡，這就是殖民地制度。」
　　同樣的問題，受日本殖民地教育的台籍知識份子王育德在《苦悶──台灣的歷史》一書中則說：
　　「日語的使用並非僅止於語言的問題。語言是表情達意的手段，學習量達到某一程度，就會引起質變，還會規定思考方式和世界觀。當然，語言背後的文化體系的優劣對這一點發揮極大的作用。不知這是幸或不幸，台灣人由於日語和日本文化而從封建社會蛻變到現代社會，因此日語似乎可以說給台灣人帶來相當大的質變。
　　「當時已經有許多台灣的知識份子，在日本國內和台灣島內，處於跟日本人幾乎無法區別的狀態下，和日本人並肩活躍。前往中國、滿州和南洋的台灣人，被當地人視為日本人，體味到優越感。」
　　這正是戴國煇所說的──「由於許多台籍知識份子，未能充分克服遺留下來的日本殖民地價值體系或價值觀念，而使得我們看問題，免不了常常借用日本的價值體系或價值觀念，而沒有自己的觀點。我們不知不覺地養成了習慣，老是依據日本人的觀點去看問題、去判定事物。」
　　王育德「體味到優越感」，而戴國煇卻提出了「克服」的主張──「要如何克服這些外來的『尺碼』，尤其是日本殖民地價值體系留下來的『日本尺碼』，這就需要在『對決』中，來形成我們自己自主的價值體系和『尺碼』了。我們台籍知識份子如果不能與日本殖民地價值體制『對決』，就永遠不能形成我們自己的自主價值體系和自己的『尺碼』，而在精神上，永遠陷入日本價值體系中，自囿於『日本尺碼』，成為它的精神層次上之附庸。」
　　戴國煇所謂的「對決」，並不是形而上絕對的簡單的「否定」，而是辯證的「超越和揚棄」。他說：
　　「我們要與外來的這兩個『尺碼』（指美國價值和日本價值）做好『對決』，來建立自己的『尺碼』，這是一種超越和揚棄的過程。在這個認識自己、建立自我的過程中，這兩個『尺碼』也有其作用，所謂『他山之石可以攻錯』，它們也可以做為我們建立自己價值體系『尺碼』的參考。在這個時候，我們確是需要借用日本人的眼睛和美國人的眼睛；只是我們更不能忘記自己的雙眼，必須保持我們自己的眼睛。還有一點也很重要，即我們只用一個眼睛的時候，不容易察看，而要用兩個眼睛，甚至要用更多的眼睛（在腦子裡），在我們做學問的時候，才可以有多元的思考，多元的比較，才可能看得遠，看得廣、看得深。但是，如果只是『虛胖』，以為自己現在的成就已是很了不起，只會說些『曲學阿世』、捧場的話，而不再求長進，那麼我們的自主性也就確立不起來。」