陳水扁以總統身分兼任民進黨黨主席後，相繼召開「大溪會議」和「三芝會議」。這兩大會議彰顯了阿扁的執政風格和決策模式，提供了我們為扁政權做定性分析的基礎。
　　「大溪會議」於8月25日在桃園大溪的鴻禧別館召開，根據26日閉幕時宣告的十項結論中的最後一項，「今後將不定期召開府、院、黨決策會議，進一步深入探討重大國政方針，由國安會統籌幕僚作業。關於民主、反恐、公投等政治議題，將另擇期繼續討論。」果然，時隔兩週，以「反恐」和「民主」為名的「三芝會議」，於9月8日在台北縣三芝鄉的佛朗明哥俱樂部舉行。
　　兩大會議白紙黑字地被定義為「府、院、黨決策會議」，已鮮明地標示著：這是陳水扁總統兼任黨主席後，決策一元化和黨政同步化的指標性會議。同時也宣告：從今而後，權力全面地往以陳水扁為核心的幕僚和近臣集團集中；從今而後，做為憲法上國家最高行政機關的行政院，只不過是國家機器的機器手臂，一舉一動都只能聽命於核心控制台的指令。
兩大會議凸顯出阿扁個人意志凌駕於體制之上的施政風格。然而，由於其智慮未深，功業未厚，加上核心幕僚集團倖進虛浮者充斥，以致產生手段與目的剝離的危機。從兩大會議召開前後所滋生的種種事端，決策一元化和黨政同步化的野心固然昭然若揭，決策錯亂和黨政矛盾的跡象卻也暴露無遺。
　　首先，大溪會議居然是由陸委會在開議前兩天才通知行政院及各部會首長，下級單位通知上級開會，在程序上紊亂了行政層級。而由於會議內容秘而不宣，部會首長無從準備相關資料，與其說是開會，不如說是到場聆聽訓詞。行政院長游錫（方方土）據知為此甚為不悅，以刻意遲到來做無言的抗議。此外，陳水扁裁示擴大敬老津貼發放對象，行政部門表示財源有困難，黨副秘書長游盈隆對講實話的副主計長劉三錡開罵。府、院、黨之間，雞毛與令箭亂成一團，行政倫理蕩然無存。陳水扁意圖以權力意志貫串府、院、黨三大部門，要分身統合，卻不是那麼容易。親信近臣於是紛紛晉階成為最高權力者的「代理人」，一個個成為媒體筆下的「高層人士」，雲端得志，縱情傲物，不可一世。
　　大溪、三芝這種體制外的會議，融合府、院、黨於一爐，固然有助於當政者的集權和擴權，卻也由於其議程、內容乃至結論完全操控在阿扁核心幕僚的手裡，絕大部分與會者處於狀況外的被動位置，行政官員被視為「服從」並「服務」於高層意志的工具，一旦要落實到體制內的執行層面，就產生虛應和消極的現象。扁政府的決策和承諾不可謂不多，在政策宣示和執行成效上卻總有巨大的落差，有許多如今已成為虎頭蛇尾的笑話。（譬如921災區重建，譬如無線電視公共化，譬如開放大陸人士來台觀光、開放陸資投資台灣房地產……）
行政部門的虛應和消極，有很大的部分也來自於主政者的虛矯和言行悖離。譬如，大溪會議正值經發會屆滿周年，陳水扁以經發會諮詢委員主委身分報告成效，以「執行率超過九成」而沾沾自喜，這與民眾對景氣的認知實有嚴重的落差。
　　根據行政院主計處的統計，台灣的失業率於今年9月份創5.35%的歷史新高點，失業人數超過53萬人。學生繳不起學費，學童繳不出營養午餐費，懷孕的母親還必須站壁賣身或飛車行搶，親人死亡無錢下葬，同居情侶因長期失業而雙雙自盡身亡……淒厲悲慘的社會新聞每天充斥著我們的耳目。除此之外，中央政府的負債持續累增，地方縣市政府積欠員工薪資，鄉鎮政府繳不出水電費，無數的老師畢生奉獻，卻面臨退休金沒有著落而無法退休的窘境……阿扁越是大言矜誇其「拼經濟」的成就，越是造成行政部門的自滿與懈怠，官府感受不到民間的痛苦，狄更斯筆下的「兩個世界」於焉形成。
　　除此之外，陳水扁的政策宣示與實際作為時常處於相互悖離的狀態，也讓行政部門無所適從，長期以往，難免損害了政府決策的嚴肅性與可信度。內部的黨務主管和行政官僚必須小心翼翼地察言觀色，外部包括美國和中國大陸對於阿扁則始終停留在「察其言，觀其行」的階段，信任無從建立，關係也自然無法進一步發展。
　　譬如，在大溪會議的十項結論中，提到「推動兩岸經貿關係正常化」、「落實兩岸直航」等字眼，但是，在此之前，陳水扁才剛以「一邊一國」論激怒了北京，騷擾了華盛頓。結論第九項提到「推動成立拼經濟的國會多數聯盟」，卻又緊接著發動清查國民黨黨產。惡化兩岸關係，升高朝野對立，在此情境下，大溪會議即使提出了「善意」的宣示，卻很難不被視為又是一次不誠無物的表態。
外界對阿扁言行悖離的疑慮，在「三芝會議」又得到一次證明：
　　三芝會議與大溪會議只不過時隔兩週，兩個會議卻已是彼此扦葛，相互否定。三芝會議以「民主」、「反恐」為名，但是就陳水扁的發言內容和「十項結論」（又是十項！多麼形式化的會議、形式化的數字！）來看，所謂「民主」無非是為了強調中國大陸作為民主的反面，從而凸顯自己的優越性。且不說這一套說辭在蔣介石的反共時代早已用老，阿扁甚至將「恐怖主義」的硬栽到中共頭上，如此陳舊而惡意的言論，等於全面棄絕、否定了大溪會議「落實兩岸直航」的規劃！
　　此外，陳水扁在布希即將揮兵伊拉克之際，大談「反恐」，與美國同聲共氣。且在國內財政極端惡化的情況下，還大手筆贊助美國的軍事侵略行動。完全無視於德、法、俄等世界上其他重量級國家巨大的反對聲浪。扁政府對美國單一霸權如此扈從依順，等於是對大溪會議所謂「深耕台灣、佈局全球」的最大嘲諷！
　　兩個會議，兩套邏輯。唯一的共同點是：開會地點都選在政商名流時相往來的豪奢俱樂部，也都與前總統李登輝有千絲萬縷的地緣關係（三芝老家、大溪別墅），具顯出民進黨權力網絡的實像。大溪會議所在地的鴻禧別館，其總裁張秀政以豐沛的人脈著稱，有權者和有錢者常在這兒的高爾夫球場和溫泉湯池交心或交易。三芝會議所在地的佛朗明哥渡假俱樂部則是北海岸的高級消費聖地，SPA水療、三溫暖、電影院、星光啤酒屋……一應俱全。陳水扁與行政院長游錫（方方土）、總統府秘書長陳師孟等人在游泳池畔炫麗燈光下暢飲葡萄美酒的畫面，已停格成為台灣人民永恆的記憶。